1956年2月成立民盟江苏省南通市直属小组，李颢为组长；1957年5月成立民盟南通市筹备委员会，李颢任主任委员；1959年3月成立民盟南通市委员会，范北强任主任委员，全市共有盟员13人。由于“文化大革命”，1966年5月至1978年9月，南通民盟停止活动。1978年9月，民盟南通市委恢复办公和活动。1980年7月，召开第二次全体盟员大会，选举产生民盟南通市第二届委员会，全市共有盟员17人。1984年至2021年，南通民盟先后选举产生第三至十一届委员会，以教育文化科技界中高级知识分子为主体的盟员队伍有了很大的发展。到2023年2月，全市共有盟员1019人，基层支部33个，基层委员会3个。盟员中全国政协委员1人，省人大代表1人，省政协委员1人，市人大代表7人，市政协委员30人，区人大代表6人，区、县政协委员37人。民盟南通市委主办《南通民盟通讯》，开设南通民盟网站，“南通民盟”微信公共号。
民盟南通市委会的办事机构由办公室、组织部和宣传部构成。设参政议政、教育、城乡发展、经济和科技工作、文化旅游工作、社会工作、法律工作、生态文明建设、妇女工作、青年工作等十个工作委员会，建有江东美术院、江东艺术团、企业家联谊会、新的社会阶层人士联谊会。民盟南通市委历任主委为范北强、姜光斗、沈启鹏、杨展里。现任主委是刘洪，副主委吕广明、张军、陈建云、赵明远（专职）。
南通民盟市级组织成立60多年来，一直自觉接受和拥护中国共产党的领导，与中共南通市委亲密团结、真诚合作；在社会主义建设、改革和发展的各个历史阶段，紧紧围绕市委的工作中心、经济社会发展中的重大问题以及人民群众普遍关心的热点难点问题，认真履行参政议政、民主监督职能；广泛开展社会服务、咨询培训、扶贫支教、抗震救灾等活动，树立了良好的社会形象；积极探索盟务工作的新途径新方法，领导广大盟员，为新时代推动南通的高质量发展做出了积极贡献。